| 年 | 優勝 | スコア | 準優勝 | 甲子園戦績 |
|---|---|---|---|---|
| 1989 | 海星高 | ３－２ | 佐世保実 | 初戦敗退 |
| 1990 | 海星高 | １－０ | 長崎商 | 初戦敗退 |
| 1991 | 瓊浦高 | 13－11 | 海星高 | 初戦敗退 |
| 1992 | 佐世保実 | ３－２ | 長崎商 | ３回戦 |
| 1993 | 長崎日大高 | ５－４ | 波佐見高 | ２回戦 |
| 1994 | 長崎北陽台高 | ７－３ | 海星高 | ベスト８ |
| 1995 | 長崎日大高 | ９－３ | 波佐見高 | 初戦敗退 |
| 1996 | 波佐見高 | ３－２ | 長崎日大高 | ベスト８ |
| 1997 | 長崎南山高 | 10－３ | 長崎商 | 初戦敗退 |
| 1998 | 長崎日大高 | ４－１ | 諌早高 | 初戦敗退 |
| 1999 | 長崎日大高 | ２－０ | 海星高 | ３回戦 |
| 2000 | 長崎日大高 | 10－４ | 波佐見高 | ベスト８ |
| 2001 | 波佐見高 | ７－２ | 長崎商 | 初戦敗退 |
| 2002 | 海星高 | ６－２ | 長崎南山高 | ２回戦 |
| 2003 | 長崎日大高 | ９－１ | 波佐見高 | 初戦敗退 |
| 2004 | 佐世保実 | ９－７ | 清峰高 | 初戦敗退 |
| 2005 | 清峰高 | 13－８ | 瓊浦高 | ３回戦 |
| 2006 | 清峰高 | ２－０ | 波佐見高 | ２回戦 |
| 2007 | 長崎日大高 | 15－２ | 長崎北高 | ベスト４ |
| 2008 | 清峰高 | ５－３ | 鎮西学院高 | ２回戦 |
| 2009 | 長崎日大高 | ７－４ | 創成館高 | 初戦敗退 |
| 2010 | 長崎日大高 | ４－１ | 海星高 | ２回戦 |
| 2011 | 海星高 | ８－７ | 清峰高 | 初戦敗退 |
| 2012 | 佐世保実 | ２－１ | 長崎商 | ２回戦 |
| 2013 | 佐世保実 | ４－３ | 長崎日大高 | 初戦敗退 |
| 2014 | 海星高 | ７－４ | 創成館高 | 初戦敗退 |
| 2015 | 創成館高 | ７－３ | 海星高 | ２回戦 |
| 2016 | 長崎商 | １－０ | 大村工 | 初戦敗退 |
| 2017 | 波佐見高 | ４－２ | 清峰高 | 初戦敗退 |
| 2018 | 創成館高 | ６－１ | 海星高 | 初戦敗退 |
| 2019 | 海星高 | 10－１ | 鎮西学院高 | ３回戦 |
| 2020 | 大崎高 | ６－１ | 鹿町工 | （中止） |
| 2021 | 長崎商 | ５－４ | 大崎高 | ３回戦 |
| 2022 | 海星高 | ９－２ | 創成館高 | ３回戦 |
| 2023 | 創成館高 | ３－２ | 海星高 | ３回戦 |
| 2024 | 創成館高 | ４－０ | 清峰高 | ２回戦 |
| 2025 | 創成館高 | ４－３ (延長11回TB) | 九州文化学園高 |