| 平成21年夏 | １回戦 | ● | 滋賀学園高０－２智弁和歌山高 |
| 平成28年春 | １回戦 | ○ | 滋賀学園高９－５桐生第一高 |
| ２回戦 | ○ | 滋賀学園高９－１釜石高 | |
| 準々決勝 | ● | 滋賀学園高０－６智弁学園高 | |
| 平成29年春 | １回戦 | ○ | 滋賀学園高６－２東海大市原望洋高(延長14回) |
| ２回戦 | □ | 滋賀学園高１－１福岡大大濠高(延長15回) | |
| ● | 滋賀学園高３－５福岡大大濠高 | ||
| 令和６年夏 | １回戦 | ○ | 滋賀学園高10－６有田工 |
| ２回戦 | ○ | 滋賀学園高５－０花巻東高 | |
| ３回戦 | ○ | 滋賀学園高６－２霞ヶ浦高 | |
| 準々決勝 | ● | 滋賀学園高０－１青森山田高 | |
| 令和７年春 | １回戦 | ● | 滋賀学園高０－３浦和実 |